Der nächste wichtige Grundsatz der Homöopathie ist die Verwendung potenzierter Mittel. Unter Potenzierung ist die starke Verdünnung bei gleichzeitiger Dynamisierung (Verschüttelung oder Verreibung siehe unten) zu verstehen. Die Mittel werden durch stufenweise durchgeführtes Potenzieren aus Urtinkturen (pflanzlichen und tierischen Ursprungs: Symbol: Ř oder mineralischen und chemischen Ursprungs: Symbol O) und aus indifferenten Verdünnungsmitteln wie Alkohol, destilliertem Wasser, Glycerin und Milchzucker hergestellt.

Homöopathische Mittel werden flüssig (Dilution) oder als Globuli, in tiefen Potenzen auch in Form von Tabletten angewendet.

Aus der Sicht der Homöopathen ist die Wirkung einer bloßen Verdünnung nicht mit einem potenzierten, also verschüttelten oder verriebenen Mittel vergleichbar. Im Organon der Heilkunst wird die Wirkung eines potenzierten Mittels nicht der körperlichen Substanz oder physischen Wirkung eines Arzneistoffes, sondern der immateriellen, daraus freigewordenen spezifischen Arzneikraft zugeschrieben.

Die Verdünnung unter die chemische Auflösungsgrenze (ab D23 – siehe auch Avogadro-Konstante) ist jedoch kein zwingendes Element der Homöopathie. Viele Heilpraktiker und einige Ärzte arbeiten in Deutschland auch mit Niedrigpotenzen (D4, D6), in denen die Stoffe noch in nennenswerter Konzentration vorliegen. Eine D6 enthält den Ausgangsstoff in der Verdünnung von 1:1.000.000 (1: 10 hoch 6), also in µg/g. Bei diesen nur schwach verdünnten Mitteln sind die regulären Dosis-Wirkungs-Beziehungen des verwendeten Stoffes zu beachten und unerwünschte Wirkungen möglich. Neben der bekanntesten D-Potenzierungsreihe (1:10) gibt es noch die C-Reihe (1:100) und die LM- oder Q-Reihe (1:50000).